Die Klinik unter der Leitung von Chefarzt Dr. med. Alois Franz versteht sich als moderne Orthopädie und Sporttraumatologie. Als solche ist sie spezialisiert auf operative und konservative Therapien von Erkrankungen des Stütz- und Bewegungsapparates.
Die Klinik für Allgemein-, Viszeral- und Gefäßchirurgie (Chefarzt Prof. Dr. med. Frank Willeke) fußt auf einer über 100jährigen chirurgischen Tradition am St. Marien-Krankenhaus Siegen und ist auf die wesentlichen Schwerpunkte onkologische Chirurgie, endokrine Chirurgie und Gefäßchirurgie ausgerichtet.
In der Medizinischen Klinik II von Chefarzt Prof. Dr. Michael Buerke werden schwerpunktmäßig Patienten mit Herz-Kreislauf-Erkrankungen (Kardiologie) und Gefässerkrankungen (Angiologie) sowie schwerkranke Patienten behandelt, die einer intensivmedizinischen Versorgung (Internistische Intensivmedizin) bedürfen.
Die von Chefarzt Dr. med. Cuon M. Blechschmidt geleitete Klinik für Hand-, plastische und Wiederherstellungschirurgie umfaßt 30 Betten. Es werden Patienten aller Krankenkassen sowie Arbeitsunfälle und Berufserkrankungen behandelt. Die Klinik ist zum Schwerverletzenverfahren der Berufsgenossenschaften zugelassen.
Die Medizinische Klinik I deckt das gesamte Spektrum der allgemeinen Inneren Medizin ab. Dabei bestehen Schwerpunkte auf den Gebieten Gastroenterologie einschließlich gastroenterologischer Onkologie, Diabetologie, Hepatologie, Pneumologie, Infektionserkrankungen und Endokrinologie.
Die Frauenklinik des St. Marien-Krankenhauses umfasst den geburtshilflichen und den gynäkologischen Fachbereich mit zwei Stationen und insgesamt 45 Erwachsenen- und 20 Säuglingsbetten. Die Klinik bietet in der Ende 2009 eröffneten neuen Geburtshilfe werdenden Müttern eine an Ihren Bedürfnissen ausgerichtete schöne und sichere Geburt.
Die Medizinischen Klinik III von Chefarzt Prof. Dr. med. Winfried Gassmann ist auf die Behandlung von Blut- und Tumorerkrankungen spezialisiert. In der hoch modernen Klink stehen alle Verfahren der systemischen Chemotherapie einschließlich der Hochdosis-Chemotherapie mit nachfolgender Transplantation von Blutstammzellen zur Verfügung.
Der Klinik für Radio-Onkologie im St. Marien-Krankenhaus Siegen und Strahlentherapie ist das Medizinische Versorgungszentrum (MVZ) für die ambulante Behandlung beigeordnet. Prof. Dr. med. Peter Fritz ist Chefarzt der Klinik für Radioonkologie, sowie Ärztlicher Leiter des MVZ, so dass ambulante als auch stationäre Strahlenbehandlungen unter einheitlicher Leitung durgeführt werden.
Die Tätigkeit der Klinik von Prof. Dr. med. Werner Hering gliedert sich in folgende Schwerpunkte: Klinische Anästhesie, Transfusionsmedizin, operative Intensivmedizin, Schmerztherapie und Notfallmedizin.
Die Abteilung für Nuklearmedizin führt alle modernen nuklearmedizinischen Untersuchungen und Therapien durch. Ein Schwerpunkt ist dabei die Radio-Jod-Behandlung der Schilddrüse.
Moderne bildgebende Diagnostik für sämtliche Abteilungen des St.-Marien-Krankenhauses Siegen einschließlich der abteilungsspezifischen Ambulanzen leistet das Institut für Diagnostische Radiologie unter der Leitung von Chefarzt Dr. med. Dipl.-Inf. Wolfram Dölken.